Forsvaret hører under den danske stat. I selvstyreloven er forsvaret nævnt som et af de områder, som selvstyret ikke har mulighed for at overtage. Grønlands Kommando er underlagt Forsvarskommandoen, og chefen for Grønlands Kommando er direkte underlagt forsvarschefen. Tjenestesteder i Grønland der er underlagt Chefen for Grønlands Kommando: Station Nord, slædepatruljen Sirius med hovedkvarter i Daneborg, Forsvarets Vagt Mestersvig, Luftgruppe Vest i Kangerlussuaq (Sdr. Strømfjord) og endelig Logistik Center Grønland, beliggende på Flyvestationen Aalborg. Grønlands Kommando har desuden et forbindelseselement placeret på Thule Air Base.